Коллекция лаковой миниатюры и графики насчитывает более семи тысяч экспонатов. А. М. Горький, с заинтересованностью следивший за развитием лакового промысла в Палехе, советовал палешанам хранить их лучшие работы. С такой идеей в Артели древней живописи была создана комната образцов, которая и положила начало музейной коллекции.
В декабре 1934 года музеем была закуплена большая часть выставочного фонда Артели древней живописи – это 62 произведения лаковой миниатюры. Среди них работы основоположников палехского искусства: «Игра в шашки» (1925), «Вниз по матушке, по Волге» (1927) И. И. Голикова, «Пастушок» (1927) И. М. Баканова, «У речки» (1925) И. И. Зубкова, «Бой с драконом» (1931) И. П. Вакурова.
Яков Станиславович Ганецкий – видный деятель польского и русского революционного движения, бывший членом коллегии Наркомвнешторга, подарил музею в день его открытия несколько фарфоровых тарелок, среди которых «Строительство РСФСР» А. В. Котухина, «Смычка города с деревней» И. В. Маркичева, «И за борт ее бросает» И. М. Баканова. Буквально через 10 дней после открытия музея у вдовы Е. Ф. Вихрева, одного из главных инициаторов организации музея в Палехе, было закуплено 82 произведения лаковой миниатюры. Самое замечательное среди них – шкатулка «Курган» И. И. Голикова.
Велика роль в создании коллекции лаковой миниатюры первого директора ГМПИ Германа Васильевича Жидкова, возглавлявшего его до 1937 года. Он предложил лучшим художникам Палеха писать миниатюры по договорам специально для музея. При этом сотрудники музея являлись консультантами в процессе создания работ. Так появились в музейном фонде шкатулка В. К. Буреева «Взятие танка», пластина Н. Д. Вакурова «Емельян Пугачев», шкатулка В. М. Салабанова «Чичиков у Коробочки». Но большая часть работ, написанных палешанами в середине 1930-х годов, посвящена произведениям А. С. Пушкина. Лучшие среди них – пластина «Сказка о рыбаке и рыбке» И. И. Зубкова, шкатулки «Сказка о золотом петушке» и «Бахчисарайский фонтан» И. М. Баканова, ларец «Сказка о царе Салтане» А. В. Котухина, шкатулка «Три чуда» И. В. Маркичева, шкатулка «Бесы» И. П. Вакурова, шкатулка С. Д. Солонина «Каменный гость». В совершенстве и безупречности художественного решения этих произведений есть несомненная заслуга Г. В. Жидкова. В настоящее время Палех имеет солидную «Пушкиниану» – от композиций, иллюстрирующих широкий круг пушкинских произведений, до работ, в которых видны попытки авторов их собственного толкования жизненной драмы поэта.
На протяжении многих лет работы поступали через Дирекцию выставок Союза художников СССР. Большие коллекции переданы музею в 1962, 1974 и 1984 годах. Традиционными были закупки произведений лаковой миниатюры, которые создавались палехскими художниками специально для юбилейных выставок, посвященных очередной годовщине Артели древней живописи. Как правило, в этих случаях работы для палехского музея приобретались Министерством культуры РСФСР и РФ, а также Ивановским областным управлением культуры. Значительность объемов поступлений, их регулярность и качественный уровень позволяли проследить историю развития промысла, увидеть новые тенденции в стилистике и тематике палехских работ. С конца 1980-х годов коллекция лаков пополняется нерегулярно. Очень сложным стал для музея период с середины 1980-х до середины 1990-х годов. За это десятилетие фонд отдела современного палехского искусства пополнился всего 59 произведениями лаковой миниатюры.